Kiedy podróżował po świecie, spotkał Edwarda Kelleya. Przez pewien czas razem przebywali na dworze Stefana Batorego, potem udali się na dwór cesarza Rudolfa II. Kelley pozostał w Pradze, a Dee wyruszył do Anglii, gdzie Elżbieta I nadała mu uczelnię w Manchesterze.
John Dee urodził się w Londynie. Jego ojciec, Roland, był kupcem. Rozpoczął naukę w katolickiej szkole w Chelmsford (obecnie King Edward VI Grammar School) następnie w latach 1543–1546 studiował w St John’s College na Uniwersytecie Cambridge. Został tam jednym z założycieli Trinity College. Pod koniec lat 40. i na początku 50. XVI wieku podróżował po Europie, gdzie studiował w Leuven (Belgia), Brukseli i Paryżu. Podczas studiów poznał matematyka Gemmę Frisiusa i kartografa Gerharda Kremera. Po powrocie do Londynu, w roku 1552, poznał Girolamo Cardano, włoskiego matematyka i astrologa. Prowadził wspólnie z nim badania dotyczące perpetuum mobile. Prawdopodobnie zmarł w biedzie, po tym, gdy po śmierci Elżbiety I wygnano go z dworu.
John Dee na dworze Stefana Batorego
John Dee
Biały mag na brytyjskim dworze
Spory opis życia Johna Dee, znajduje się na końcu jego "Monady hieroglificznej".